В ТМО НИИЭМ применяется система менеджмента качества по EN ISO 9001:2000 и ISO 13485:2000, а выпускаемое рентгеновское оборудование соответствует требованиям "Директивы о медицинских продуктах 93/42/ЕЕС(MDD)", что даёт право маркировки продукции знаком "СЕ" и экспорта её в страны ЕЭС. 

На предприятии внедрены методики входного контроля, монтажа, настройки и испытаний как комплектующих изделий, так и готовой продукции. Избежать появления дефектов на всех этапах изготовления позволяет контроль качества сборки узлов и готовых изделий. Поставка готовой продукции осуществляется только после выполнения необходимого контроля и испытаний при производстве.

Пригодность средств контроля для оценки качества выпускаемой продукции подтверждает периодическая проверка инструмента и приборов, проводимая уполномоченными органами по графику.

Ответственность, полномочия и взаимодействия сотрудников определены при создании системы управления качеством. По каждой задаче, процедуре обеспечения качества продукции имеется ответственный за её выполнение и определён порядок взаимодействия между подразделениями.